bercerita empat belas tahun setelah serangan Ketiga, Bumi adalah tempat yang menyeramkan, peradaban manusia hancur, dan orang-orang yang Shinji kenal. Terperangkap di dalam Unit Evangelion-01, dia ditemukan dari luar angkasa oleh Asuka dan Mari, hanya untuk menemukan dirinya sebagai tahanan Wille, sebuah faksi militer yang dipimpin oleh mantan penjaga Misato Katsuragi. Dingin dan pahit, mantan sekutunya melihatnya dengan curiga dan menolak untuk mendukungnya saat dia menghadapi konsekuensi dari tindakannya.