Cerita terjadi pada tahun 2034, dua tahun setelah peristiwa di Ghost in the Shell: S.A.C. GIG ke-2. Cyborg wanita Mayor Motoko Kusanagi telah meninggalkan Bagian Keamanan Publik 9, unit kontra-teroris dan anti-kejahatan elit yang berspesialisasi dalam perang dunia maya, yang telah berkembang menjadi tim yang terdiri dari 20 operasi lapangan dengan Togusa bertindak sebagai pemimpin lapangan.