Ghost in the Shell: SAC_2045 (Koukaku Kidoutai: SAC_2045) petualangan seorang Major Makoto terus berlanjuta. Pada tahun 2045, setelah guncangan ekonomi yang dikenal sebagai Synchronized Global Default, perkembangan AI begitu pesat hingga mendorong dunia memasuki keadaan “Perang Berkelanjutan”. Namun, publik tidak menyadari ancaman AI terhadap umat manusia.