Anime ini terdiri dari dua bagian; “Ishi Okashi” dan “Ayakashi Raihousha”. Dalam Ishi Okoshi, Natsume bertemu dengan youkai kecil bernama Mitsumi di hutan. Mitsumi dipercaya untuk membangunkan youkai dewa “Iwatetsu” dari tidur lelapnya. Karena cemas, Natsume pergi untuk membantu tugas Mitsumi.