Charles kembali membangun Xavier’s School, dan mendapat murid baru yang bernama Scott Summers, Adik dari Alex Summers. Ada seorang Mutan, Mutan petama didunia yang telah terbangun dari tidurnya selama berabad – abad yaitu Apocalypse. Apocalypse ingin menghancurkan peradaban manusia dari muka bumi bersama dengan orang-orang yang ia kumpulkan. Lalu para X-Men pun memutuskan untuk bersatu dan mengalahkan mereka semua.