Koi wa Deep ni atau Love Deeply! bercerita Nagisa Mio, seorang ahli kelautan di Shibaura University of Marine Science and Technology, sangat tertarik dengan ikan dan mencintai laut. Terlepas dari senyumnya yang ceria dan kepribadiannya yang baik hati, dia sangat pendiam tentang keluarga dan masa lalunya. Hasuda Rintaro, anak kedua dari keluarga kaya raya, ditakuti oleh orang-orang di sekitarnya karena dianggap sebagai orang yang sulit didekati.