menceritakan tentang pembebasan Lincoln Burrows (Dominic Purcell), yang menghadapi hukuman mati dengan tuduhan membunuh Terrence Steadman (Jeff Perry), saudara kandung wakil presiden Amerika. Lincoln ditahan di penjara Fox River State sembari menunggu eksekusinya. Adik Lincoln, seorang insinyur jenius, Michael Scofield (Wentworth Miller), percaya bahwa Lincoln tidak bersalah dan membuat sebuah rencana pelarian. Unutk mendapatkan akses penuh ke penjara Fox Riverm Michael melakukan perampokan dan membiarkan dirinya tertangkap.